Конечно, в элитном дивизионе сибирякам пришлось нелегко, но "Томь" оказалась не из робкого десятка. Под руководством тренера Бориса Стукалова на стартовом отрезке команда, к полному восторгу Томска и всей Сибири, добилась победы над питерским "Зенитом" и боевой ничьей с ЦСКА, без пяти минут обладателем Кубка УЕФА. Пережив потом трудные времена – безвыигрышные серии, домашние неудачи, смена тренеров (в середине сезона томскую команду возглавил известный тренер Анатолий Бышовец) – "Томь" сумела в итоге завоевать неплохое для дебютанта десятое место. А ведущие российские клубы осознали, что привезти очки из Томска – дело почти невозможное, даже если ведешь в счете 2:0. В этом убедились и "Москва", и московское "Динамо". Однако феерические, волевые победы еще не подкреплялись стабильностью. Тон в "Томи" образца 2006 год задавали вратари Сергей Парейко и Илья Близнюк (Илья особо отличился при 11-метровых ударах: 4 раза соперники не забили ему пенальти, причем в матче с московским "Динамо" - дважды), защитники Альберт Борзенков и Валерий Катынсус, полузащитники Василий Янотовский, Евгений Калешин, Олег Шишкин и Валерий Климов, форвард Алексей Медведев и приехавшие во втором круге балканские легионеры Бранислав Крунич и Хрвое Вейич.
С возвращением на следующий год в "Томь" тренера Валерия Петракова команда укрепилась, вышла на новый уровень и пробилась в группу лидеров. После первого этапа чемпионата-2006 томичи занимали третью строчку в турнирной таблице, а во втором круге, в составе целой группы команд, продолжали борьбу за высокие места, которые дают российским клубам право на участие в еврокубках. Лидер атак "Томи" Павел Погребняк выдал ударную бомбардирскую серию, за что был приглашен в сборную России, где, кстати, подтвердил свой бомбардирский талант. Весьма надежно играла и оборона "Томи" (пятый показатель в премьер-лиге по пропущенным мячам). Лишь потеря по ходу сезона генерального спонсора и последовавший за этим финансовый кризис не позволил томичам побороться за первую пятерку. Но и восьмое итоговое место – весьма неплохой показатель. Вообще, футбольному клубу "Томь" принадлежит всероссийский (а может, даже и мировой) рекорд: в течение 12 лет каждый сезон успехи клуба были лучше года предыдущего. Помимо Павла Погребняка к прошлогодним лидерам команды добавились защитники Алексей Бугаев (томским болельщикам он запомнился еще по первому дивизиону) и Андрюс Скерла. Вновь вернулся в число ведущих футболистов клуба Сергей Скобляков. Настоящим диспетчером игры "Томи" был опытный Александр Кульчий. Томские болельщики после такого сезона уже всерьез стали рассуждать о еврокубках.

 Однако чемпионат 2007 года получился для сибиряков менее удачным (11 место), зато в Кубке России томичи на чужих полях одолели трех соперников, включая чемпиона страны питерский "Зенит", и вышли в полуфинал кубка страны, за что футболисты команды были удостоены звания "Мастер спорта Российской Федерации". Не столь надежно уже играли вратари и защитники "Томи", подкосили команду травмы, с большим, нежели в прошлом сезоне трудом стали даваться голы. Уехал в питерский "Зенит" Погребняк, а разыгравшийся было Денис Киселев (с 5-ю мячами он входил в группу бомбардиров чемпионата) в самом начале второго круга получил тяжелую травму. Кстати, травмы серьезно подкосили команду в сезоне-2007. В результате "Томь" практически перестала брать очки и весьма приблизилась к зоне вылета. Однако финишный отрезок Томичи в очередной раз провели весьма достойно. Помогла и селекционная работа: надежно сыграл в воротах взятый в аренду Сергей Рыжиков, а новобранец из Македонии Горан Мазнов и вовсе выдал уникальную серию, забив в 5 матчах 9 мячей. Вполне могли томичи опять финишировать в десятке сильнейших, но уступили десятое место по дополнительным показателям казанскому "Рубину". Несмотря на то, что ветераны вытянули на себе этот сезон, но мало кто из них мог отнести этот год к своим ярким сезонам. К исключениям можно отнести Сергея Скоблякова, который, в интересах команды, часто играл на позиции защитника и, тем не менее, успел забить за сезон 4 гола и сделать чуть ли не десяток голевых передач. Ощутимый вклад внесли Валерий Климов, Валерий Катынсус, новобранец команды Дмитрий Мичков, а также молодой, подающий надежды полузащитник Дмитрий Тарасов.

Неровным и сложным выдался сезон-2008, не принесший томичам особых дивидендов. Хотя потенциал у сибирской команды представлялся неплохим.  "Томь" занимала одно из ведущих мест в премьер-лиге по количеству игроков, имеющих опыт игры за свои национальные сборные.  Мазнов – это Македония,  Стойка – Румыния, Йокич – Сербия, Радосавлевич –  Словения, Катынсус  – Молдавия, Парейко – Эстония,  Корниленко – Белоруссия. Бугаев, Мандрыкин, Евсиков и Ширко играли за сборную России.  За молодежную сборную России из томского клуба выступали Дмитрий Тарасов и Виктор Строев. А защитник Хрвое Вейич, выступавший за сборную Хорватии, даже представлял "Томь" на финале Евро-2008. Однако в чемпионате России эти футболисты не составляли единого ансамбля, многие из них, похоже, потеряли мотивацию для выступлений за томский клуб. Команда совсем потеряла игру,  остро стоял вопрос обновления "Томи". Не помогла и экстренная смена в июне наставника Валерия Петракова на молодого спартаковского тренера Мирослава Ромащенко, который, поработав неполных три месяца, подал в отставку после крупного домашнего поражения от Самары. Наконец, осенью 2008 года команду возглавил опытнейший специалист Валерий Непомнящий, прекрасно известный во всем футбольном мире. Ему удалось успокоить разнервничавшихся футболистов, провести несколько неплохих матчей, а главное, решить задачу сохранения прописки в элите. Приятным открытием сезона стал, пожалуй, лишь один Джордже Йокич, надежно отыгравший в обороне и забивший несколько важных мячей. Многих можно отметить за старательность, самоотверженность, но не более того.