Датой возникновения «Амкара» принято считать 5 мая 1993 года, когда команда собранная из работников Пермского завода Минеральных Удобрений сыграла первый матч на Кубок Перми. Своё название «Амкар» получил благодаря главной продукции завода «АМмиак-КАРбамид». В следующем году команда стала чемпионом Пермской области и получила статус профессионального клуба. В 1996 году «Амкар» занял третье место в зоне «Центр» второй лиги, в 1997 году клуб стал уже вторым, и наконец, в 1998 году, «Амкар» заняв первое место, получил право выступать в Первом дивизионе.

С 1999 по 2003 год команда достаточно успешно выступала в Первом дивизионе, занимая в итоговой таблице место не ниже шестого. А в 2003 команда выиграла турнир, заняв первое место. В Премьер-Лиге «Амкар» выступает не так удачно: в 2004, 2005 и в 2006 годах команда заняла, соответственно, 11, 12 и 13 места. С приходом в команду Рашида Рахимова игра Амкара преобразилась: отрезок чемпионата с 19 по 28 тур Амкар провел лучше всех в Премьер-лиге и задолго до окончания чемпионата обеспечил себе невылет.

В 2007 году команда вышла на качественно иной уровень игры: количество провальных игр можно пересчитать по пальцам одной руки и лишь невезение и неопытность не позволили Амкару забраться выше 8-го места. Трижды «Амкар» играл в полуфинале Кубка России. В сезоне 2001\02 клуб встречался с московскими армейцами, которым уступил 0:1, в сезоне 2004\05 «Амкар» встречался с подмосковными «Химками», уступив им по сумме двух встреч 0:2, а 16 апреля 2008 года «Амкар» переиграл «Урал» из Екатеринбурга 1:0 и вышел в финал, где проиграл в серии пенальти ЦСКА. По итогам сезона 2008 «Амкар», заняв 4 место в турнирной таблице, попал в зону Еврокубков и получил право играть в Лиге Европы.

Высшее достижение — 4 место Премьер-Лига (2008 год).
Финалист Кубка России: 2007-08.
Победитель Первого дивизиона (2003 год)

Самая крупная победа — 8:1 над Металлургом-Метизник (Магнитогорск) в 1995 году
Самое крупное поражение — 0:6 от московского «Спартака» в 2004 году
Больше всех матчей за команду в чемпионатах России— Алексей Попов — 371 матч; Константин Парамонов 339 матчей
Больше всех официальных матчей за команду— Алексей Попов — 405 матчей; Константин Парамонов 366 матчей
Больше всех матчей за команду в Премьер-Лиге — Захари Сираков — 131 матч
Лучший бомбардир команды в чемпионатах России — Константин Парамонов (171 мяч)
Лучший бомбардир команды в официальных матчах — Константин Парамонов (189 мячей)
Лучший бомбардир команды в Премьер-лиге — Мартин Кушев (27 мячей)
Самые крупные победы в Премьер-лиге: Динамо 4:1 (дома 2005); Крылья Советов 4:1 (дома 2007); Химки 3:0 (в гостях 2008)